Deportācija no Rēzeknes apriņķa notika tāpat kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts Drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.

Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".
Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts Drošības tautas komisariāta Rēzeknes apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kuras izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja Rēzeknes apriņķa komunistiskās (boļševiku) partijas komitejas darbinieki un aktīvisti.

No Rēzeknes apriņķa Rēzeknes, Varakļāniem, Viļāniem un 18 pagastiem tika arestēti un izsūtīti 653 cilvēki (337 vīrieši un 316 sievietes). Lielākā daļa no visiem Rēzeknes apriņķī 211 arestētajiem – 196 – tika ieslodzīti Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometnē), 2 arestētie nonāca Krasnojarskas novada Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometnē), 8 – Sverdlovskas apgabala Sevurallagā un pārējie Rēzeknes apriņķī arestētie – Mordovijas APSR Saranskas cietumā nr. 1. 23 no Rēzeknes apriņķī arestētajiem tika nošauti, no nometnēs ieslodzītajiem atbrīvots tika tikai 52 cilvēki, jo pārējie 136 miruši no bada un slimībām ieslodzījuma vietās.

Izsūtītās ģimenes tika nosūtītas uz Krasnojarskas novada dažādiem rajoniem. Vairākums no Rēzeknes apriņķa izsūtītajiem nonāca Dzeržinskas, Ilanskas un Kanskas rajonā.

No Rēzeknes apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās nomira 82 cilvēki. 381 cilvēki tika atbrīvoti, bet par 26 cilvēku likteni nav precīzu ziņu.