Deportācija no Bauskas apriņķa notika pēc līdzīga scenārija kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.
Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".
Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Bauskas apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kas izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja kompartijas Bauskas apriņķa komitejas darbinieki un aktīvisti.
No Bauskas apriņķa – Bauskas pilsētas un 20 pagastiem – izsūtīja 573 cilvēkus (298 vīrieši un 275 sievietes). Daļu no šiem cilvēkiem arestēja. Kopumā no Bauskas apriņķa deportējamajiem arestēja 170 cilvēkus (167 vīriešus un trīs sievietes). No Bauskas apriņķī arestētajiem 167 cilvēkus ieslodzīja Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometne) Kirovas apgabalā; pa vienam ieslodzīja Juhnovas nometnē Smoļenskas apgabalā, Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometne) Krasnojarskas novadā un Sevvostlagā (Ziemeļaustrumu labošanas darbu nometne) Tālo Austrumu apgabalā. Trīs no šiem ieslodzītajiem 1942. gada janvārī tika nošauti, savukārt vēl 151 cilvēks mira ieslodzījumā. No nometnēs ieslodzītajiem izdzīvoja un vēlāk tika atbrīvoti vien 14 cilvēki, par vēl divu arestēto tālāko likteni dokumentāru liecību trūkst.
Lielāko daļu no izsūtītajām Bauskas apriņķa ģimenēm nometināja Krasnojarskas novada Ačinskas, Biriļusu, Bogotolas, Boļšojulujas, Kozuļkas, Suhobuzimskas un Tjuhtetas rajonā, taču atsevišķus cilvēkus izsūtīja arī uz šā novada Ilimpejas, Jarcevas, Jemeļjanovas, Sovetskas, Tasejevas un Turuhanskas rajonu, kā arī uz Kemerovas apgabalu un Novosibirskas apgabala Pudinas rajonu.
No Bauskas apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās un ceļā nomira 91 cilvēks. Vairums cilvēku no specnometinājuma tika atbrīvoti 20. gs. 50. gadu vidū, bet par 16 no Bauskas apriņķa izsūtīto cilvēku likteni precīzu ziņu nav.
