Deportācija no Valkas apriņķa notika pēc līdzīga scenārija kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.

Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".

Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Valkas apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kas izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja kompartijas Valkas apriņķa komitejas darbinieki un aktīvisti.

No Valkas apriņķa – Alūksnes, Apes, Smiltenes, Strenču un Valkas pilsētas, kā arī 38 pagastiem – tika izsūtīti 424 cilvēki (251 vīrietis un 173 sievietes). Daļu no šiem cilvēkiem arestēja. Kopumā no Valkas apriņķa deportējamajiem arestēja 174 cilvēkus (172 vīriešus un divas sievietes). No Valkas apriņķī arestētajiem 101 ieslodzīja Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā; 56 ieslodzīja Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometne) Krasnojarskas novadā; 12 cilvēkus ieslodzīja Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometne) Kirovas apgabalā; divus ieslodzīja Vosturallagā (Austrumurālu labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā, bet pa vienam ieslodzīja Ivdeļlagā (Ivdeļskas labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā, Tavdinlagā (Tavdinskas labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā un Astrahaņas cietumā Staļingradas apgabalā. 32 no šiem ieslodzītajiem 1941.–1943. gadā tika nošauti, vēl 99 cilvēki mira ieslodzījumā. No nometnēs ieslodzītajiem izdzīvoja un vēlāk tika atbrīvoti 32 cilvēki, par vēl 11 arestēto tālāko likteni dokumentāru liecību trūkst.

Lielāko daļu no izsūtītajām Valkas apriņķa ģimenēm nometināja Krasnojarskas novada Ačinskas, Berjozovskas, Kozuļkas, Nazarovas, un Tjuhtetas rajonā. Atsevišķas ģimenes vai cilvēkus izsūtīja arī uz Krasnojarskas novada Krasnojarskas pilsētu, Bogotolas, Boļšojulujas, Pudinas un Ustjjeņisejskas rajonu, kā arī uz Kazahijas PSR Karagandas apgabala Četas rajonu.

No Valkas apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās un ceļā nomira 45 cilvēki. Vairums cilvēku no specnometinājuma tika atbrīvoti 20. gs. 50. gadu vidū, bet par 7 no Valkas apriņķa izsūtīto cilvēku likteni precīzu ziņu nav (ir zināms, ka vismaz 5 no viņiem atstāja nometinājuma vietas bez varas iestāžu atļaujas).