Deportācija no Ilūkstes apriņķa notika pēc līdzīga scenārija kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.
Par galveno apsūdzības dokumentu pret arestētajiem cilvēkiem noderēja Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".
Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta Ilūkstes apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kas izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Viņiem aktīvi palīdzēja kompartijas Ilūkstes apriņķa komitejas darbinieki un aktīvisti.
No Ilūkstes apriņķa – Grīvas, Ilūkstes un Subates pilsētas, kā arī 18 pagasta – tika izsūtīti 247 cilvēki (135 vīrieši un 112 sievietes). Daļu no šiem cilvēkiem arestēja. Kopumā no Ilūkstes apriņķa deportējamajiem arestēja 77 cilvēkus (75 vīriešus un 2 sievietes). No Ilūkstes apriņķī arestētajiem 76 cilvēkus ieslodzīja Vjatlagā (Vjatkas labošanas darbu nometne) Kirovas apgabalā, bet vienu ieslodzīja Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas darbu nometne) Sverdlovskas apgabalā. Seši no šiem ieslodzītajiem 1941.–1943. gadā tika nošauti, vēl 61 cilvēks mira ieslodzījumā. No nometnēs ieslodzītajiem izdzīvoja un vēlāk tika atbrīvoti vien deviņi cilvēki, savukārt viens cilvēks pēc atbrīvošanas no ieslodzījuma vēlāk nomira nometinājumā.
Lielāko daļu no izsūtītajām Ilūkstes apriņķa ģimenēm nometināja Krasnojarskas novada Dzeržinskas, Ņižņijingašas un Tasejevas rajonā. Atsevišķas ģimenes vai cilvēkus izsūtīja arī uz Krasnojarskas novada Kanskas, un Pudinas rajonu, bet vienu cilvēku uz Novosibirskas apgabalu.
No Ilūkstes apriņķa izsūtītajiem specnometinājuma vietās un ceļā nomira 30 cilvēki. Vairums cilvēku no specnometinājuma tika atbrīvoti 20. gs. 50. gadu vidū. Ir ziņas, ka trīs cilvēki bija atstājuši savu nometinājuma vietu pirms viņu oficiālas atbrīvošanas, bet par divu no Ilūkstes apriņķa izsūtīto cilvēku likteni precīzu ziņu nav.
