Pēc Latvijas valsts okupācijas, tās un iekļaušanas PSRS un Latvijas PSR Konstitūcijas pieņemšanas 1940. gada 25. augustā, tika likvidētas suverēnās valsts likumdošanas, pārvaldes un tiesu varas institūcijas un izveidotas jaunas - Augstākā Padome, Tautas Komisāru Padome, tautas komisariāti, Latvijas PSR Augstākā Tiesa, tautas tiesas u.c. Reorganizējot pilsētu un pagastu pārvaldes sistēmu, vēlētas pašvaldības aizstāja ar izpildu komitejām. Administratīvās izmaiņas notika arī galvaspilsētā Rīgā. 1941. gada 9. janvārī Rīgu sadalīja sešos rajonos - Maskavas, Kirova, Proletāriešu, Ļeņina, Staļina un Sarkanarmijas rajonā, un tas pastāvēja visu Latvijas PSR periodu. Vācijas nacionālsociālistiskā okupācijas režīma laikā daļa Latvijas PSR valsts varas un valsts pārvaldes institūciju turpināja pastāvēt evakuācijā PSRS teritorijā, un Latvijā tās atsāka darboties 1944. gada nogalē. Tādēļ daļai dokumentu datējums saistīts ar 2. pasaules kara periodu.

1946. gada martā reorganizēja pārvaldes sistēmu. Latvijas PSR Tautas Komisāru Padomi pārdēvēja par Ministru Padomi, bet tautas komisariārus - par ministrijām. 1948. gada 18. janvārī pirmoreiz tika ievēlētas apriņķu, pilsētu, pagastu un vēlāk arī ciemu darbaļaužu deputātu padomes (kopš 1977. gada tautas deputātu padomes).

Izpildu varas augstākās struktūras ministrijas dalījās vissavienības, koprepublikāniskās un republikāniskās ministrijās. Vissavienības ministrijas bija pakļautas tikai PSRS Ministru Padomei, tās atradās Maskavā, no kurienes vadīja to pārziņā nodotās nozares.Koprepublikāniskās ministrijas izveidoja ar vienādiem nosaukumiem kā Maskavā, tā arī savienotajās republikās. PSRS koprepublikāniskās ministrijas vadīja savas pārvaldes nozares ar attiecīgās republikas Ministru Padomi. Republikānisko ministriju formāli varēja nodibināt republikas Ministru Padome. Tomēr faktiski šādas iespējas bija visai ierobežotas, jo nozīmīgākās pārvaldes nozares jau bija sadalītas starp vissavienības un koprepublikāniskajām ministrijām. Republikāniskās ministrijas dibināšanai bija jāsaņem PSRS augstāko valsts varas iestāžu atļauja, tāpēc to bija maz un šīs ministrijas parasti bija nelielas un maznozīmīgas.

Arī Latvijas PSR centrālās valsts pārvaldes institūcijas bija ministrijas, kas dalījās koprepublikāniskajās (pakļautas Latvijas PSR Ministru Padomei un arī attiecīgajai PSRS ministrijai) un republikāniskajās ministrijās (pakļautas Latvijas PSR Ministru Padomei), kā arī valsts komitejas, kas tāpat dalījās koprepublikāniskajās (pakļautas Latvijas PSR Ministru Padomei un arī attiecīgajai PSRS valsts komitejai) un republikāniskajās komitejās (pakļautas Latvijas PSR Ministru Padomei).

Pastāvēja arī citas Latvijas PSR centrālās pārvaldes institūcijas (koprepublikāniskas vai republikāniskas), ko izveidoja Latvijas PSR Ministru Padome, un tās bija dažādas komitejas, galvenās pārvaldes, pārvaldes u.c. Laikposmā no 1957. līdz 1965. gadam ministrijas aizstāja ar valsts komiteju struktūrām. Ministriju reorganizācija notika arī 1988. gadā. Tā, piemēram, Latvijas PSR Izglītības ministrijai pievienojot Valsts profesionāli tehniskās izglītības komiteju un Augstākās un vidējās speciālās izglītības ministriju, izveidota koprepublikānisko Latvijas PSR Tautas izglītības ministriju. Latvijas PSR Izglītības ministriju likvidēja.

Īpaša valsts institūciju grupa bija tautas kontroles institūcijas - Latvijas PSR Tautas kontroles komiteja, rajonu, pilsētu un pilsētu rajonu tautas kontroles komitejas, ciemu un ciematu tautas kontroles grupas, tautas kontroles komitejas, grupas un posteņi uzņēmumos, kolhozos, iestādēs un organizācijās.

Dažas ministrijas Latvijas PSR pastāvēja tikai propagandas dēļ. Tā, piemēram 1944. gada oktobrī, lai pasaulei pierādītu savienoto republiku suverenitāti, visās PSRS savienotajās republikās, to skaitā arī Latvijā, nodibināja Aizsardzības ministriju un Ārlietu ministriju (tolaik tās sauca par tautas komisariātiem). Faktiski visā Latvijas PSR pastāvēšanas laikā Aizsardzības ministrija tā arī netika izveidota, bet Ārlietu ministrija pastāvēja formāli dažu protokola funkciju veikšanai.

Īpašu dokumentu kolekciju veido bijušās Latvijas PSR Valsts drošības komitejas (VDK) dokumenti, kas sistematizēti astoņos fondos. Valsts glabāšanā tie pieņemti pēc Latvijas PSR VDK darbības izbeigšanas Latvijā 1991. gada augustā. Šī dokumentu krājuma pamatgrupu veido dokumenti par komunistiskā režīma represijām pret Latvijas iedzīvotājiem. Represijās cietušajām personām un zinātniekiem ir dota iespēja iepazīties ar lietu materiāliem, kā arī veikt zinātniskus pētījumus par 1940. gada un vēlākajā laikā gados notikušiem arestiem, t.i., ar tā sauktajām krimināllietām, ar lietām par nelikumīgo administratīvo izsūtīšanu 1941. gada 14. jūnijā, 1949. gada 25. martā un ar lietām par mazākām izsūtīšanas akcijām pēckara periodā. Dokumentu kopējo krājumu par represijām pret Latvijas iedzīvotājiem papildina materiāli, kas 2004. gadā iegūti no Kazahstānas Republikas.