1990. gada 18. marta Latvijas PSR Augstākās Padomes vēlēšanās uzvaru guva Latvijas vēsturē visplašākās demokrātiskās masu organizācijas - Latvijas Tautas frontes - izvirzītie deputātu kandidāti, kas atbalstīja Latvijas neatkarības atjaunošanas ideju.

1990. gada 4. maijā šī Augstākā Padome pieņēma deklarāciju "Par Latvijas Republikas neatkarības atjaunošanu". Deklarācija pasludināja par spēkā neesošu kopš pieņemšanas brīža Latvijas Saeimas 1940. gada 21. jūlijā pieņemto deklarāciju "Par Latvijas iestāšanos Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā", atjaunoja 1922. gada 15. februārī pieņemtās Latvijas Republikas Satversmes darbību visā Latvijas teritorijā un noteica, ka Latvijas valsts oficiālais nosaukums ir LATVIJAS REPUBLIKA, saīsināti - LATVIJA. Deklarācija noteica pārejas periodu Latvijas Republikas valsts varas atjaunošanai de facto līdz Latvijas Republikas Saeimas sasaukšanai. Pārejas periodā Latvijas Republikas Augstākā Padome realizēja augstāko valsts varu Latvijā. Deklarācija atzina par iespējamu pārejas periodā piemērot Latvijas PSR Konstitūcijas normas un citus likumdošanas aktus, kas lēmuma pieņemšanas brīdī 1990. gada 4. maijā bija spēkā Latvijas teritorijā, ciktāl šie likumdošanas akti nebija pretrunā ar Latvijas Republikas Satversmes 1., 2., 3. un 6. pantu. Šī deklarācijas norma deva likumisku pamatu esošo valsts varas un valsts pārvaldes institūciju (Ministru Padomes, ministriju, valsts komiteju u.c. turpmākai darbībai atjaunotajā Latvijas Republikā.

Latvijas Republika tika atjaunota kā demokrātiska valsts, kurā pastāv un darbojas dažādas politiskās partijas un sabiedriskās organizācijas.

1991. gada 21. augustā Latvijas Republikas Augstākā Padome pieņēma konstitucionālo likumu "Par Latvijas Republikas valstisko statusu". Konstitucionālais likums atcēla 1990. gada 4. maijā noteikto pārejas periodu Latvijas Republikas valsts varas atjaunošanai de facto un noteica, ka līdz Saeimas sasaukšanai augstāko valsts varu Latvijas Republikā pilnībā realizē Latvijas Republikas Augstākā Padome. Konstitucionālais likums noteica, ka Latvijas Republikas teritorijā ir spēkā tikai tās augstāko valsts varas un valsts pārvaldes institūciju likumi un lēmumi. Tādējādi tika pārtrauktas jebkādas Latvijas un PSRS savstarpējās valstiskuma saiknes.

1993. gada 5. un 6. jūnijā ievēlēja Saeimu, kas uzsāka darbu 1993. gada 6. jūlijā. Šajā pašā dienā tika atjaunota Valsts Prezidenta kā Latvijas valsts galvas institūcija un nodibināta Satversmē paredzētā Latvijas valdība - Latvijas Republikas Ministru kabinets. 1993. gada 16. jūlijā Saeima pieņēma likumu "Par 1925. gada 1. aprīļa likuma "Ministru kabineta iekārta" atjaunošanu".

Pēc 5. Saeimas ievēlēšanas tika pārskatīta ministriju struktūra, un 1993. gada 3. augustā likvidēja daudzas Latvijas PSR laika ministrijas un izveidoja jaunas, suverēnai valstij atbilstošas.

Atjaunotās valsts institūciju fondi arhīvā ir pārstāvēti ar samērā nelielu dokumentu klāstu, jo 10 gadus tie uzkrājas iestādē. Tikai likvidētās vai būtiski reorganizētās institūcijas nodod arhīvam visus likvidācijas vai reorganizācijas brīdī esošos dokumentus.

Tā kā daļa Latvijas PSR uzņēmumu un iestāžu neilgi turpināja darbu Latvijas Republikā un lielākā daļa tika pakļauta privatizācijas procesam, arhīvs papildināja un paplašināja gan attiecīgo fondu dokumentu klāstu, gan arī to hronoloģiskās robežas, piemēram, apvienotie augstāko valsts varas un valsts pārvaldes institūciju fondi “Latvijas PSR Augstākā Padome un Latvijas Republikas Augstākā Padome”, “Latvijas PSR Ministru Padome un Latvijas Republikas Ministru Padome” u.tml., kā arī fondi, kas veidojušies Latvijas PSR, bet turpināti Latvijas Republikā, piemēram, “VEF un no tās atdalītie uzņēmumi” (1940-2000), “Latvijas Valsts pilsētu celtniecības projektēšanas institūts “Pilsētprojekts” un tā priekšteči” (1944-1994), “Latvijas kuģniecība un tās priekšteči” (1940/41; 1944-1991), “Akciju sabiedrība “Rīgas vagonu rūpnīca”” (1944-2001), “Latvijas Republikas Izglītības ministrijas Latvijas Universitāte” (1940/41; 1944-1993) utt.

Latvijas Republikas Augstākās Padomes 1991. gada 24. augustā pieņemtais lēmums “Par Latvijas Republikas valstiskuma ekonomiskā pamata nodrošināšanu” noteica, ka visi Latvijas Republikas teritorijā izvietotie vai reģistrētie bijušie PSRS centrālās pakļautības uzņēmumi pāriet Latvijas Republikas jurisdikcijā kā Latvijas Republikas valsts īpašums.

Arhīvā nodotie politisko partiju un nevalstisko organizāciju fondi sastāv un galvenokārt no šo organizāciju lēmējinstitūciju - kongresu, konferenču, padomju un valžu, u.tml. - dokumentiem, dokumentiem par šo organizāciju sabiedriskajām aktivitātēm, skaitlisko sastāvu utt. Tomēr ne vienmēr šo dokumentu sastāvs ir pilnīgs, jo minētās organizācijas turpina savu darbību un aktīvu dokumentu izmantošanu. Sadarbība ar arhīvu notiek uz brīvprātības pamata, un šīs dokumentu grupas nodošanas laiks arhīvā nav prognozējams.

Arhīva depozitārā glabāšanā tiek nodoti arī likvidējamo banku dokumenti. Pēc banku likvidācijas, bankrota procedūru pabeigšanas un maksātnespējas procesa izbeigšanas dokumenti kļūst par valsts īpašumu.