Deportācija no Valmieras apriņķa notika līdzīgi kā visā Latvijas teritorijā. 1941. gada jūnija sākumā Latvijas PSR Valsts Drošības tautas komisariāta darbinieki sagatavoja arestējamo un izsūtāmo personu uzskaites lietas un citus apcietināšanas un izsūtīšanas dokumentus.

Galvenais apsūdzības pamatojuma dokuments pret arestējamajiem un izsūtāmajiem cilvēkiem bija Latvijas PSR Valsts drošības tautas komisariāta darbinieku sagatavotā "Izziņa par kompromitējošiem materiāliem un dokumentiem, kas to apstiprina".

Neilgi pirms 1941. gada 14. jūnija Latvijas PSR Valsts Drošības tautas komisariāta Valmieras apriņķa daļa izveidoja īpašas operatīvās grupas, kuras izsūtīšanai paredzēto cilvēku dzīvesvietās veica arestēšanu, kratīšanu, mantas aprakstīšanu un nogādāja aizturētos līdz ešelonam. Īpašajām operatīvajām grupām palīdzēja Valmieras apriņķa komunistiskās (boļševiku) partijas komitejas darbinieki un aktīvisti.

No Valmieras, Ainažiem, Limbažiem, Mazsalacas, Rūjienas, Salacgrīvas un 32 Valmieras apriņķa pagastiem 1941. gada 14. jūnijā izsūtīti pavisam 420 cilvēki (236 vīrieši un 184 sievietes). Lielākā daļa no 151 Valmieras apriņķī arestētā – tika ieslodzīti Usoļlagā (Usoļjes labošanas darbu nometnē), Noriļlagā (Noriļskas labošanas darbu nometnē) un Sevurallagā (Ziemeļurālu labošanas nometnē), 49 no apriņķī 1941. gada 14. jūnijā arestētajiem tika nošauti, 70 cilvēki no nometnēs ieslodzītajiem mira no bada un slimībām. Lielākā daļa no Valmieras apriņķī izsūtītajām ģimenēm tika nosūtītas speciālajā nometinājumā uz Krasnojarskas novada Ačinskas rajonu un Novosibirskas novada Parabeļas un Kolpaševas rajonu.

No Valmieras apriņķa izsūtītajiem speciālā nometinājuma vietās nomira 55 cilvēki.